javaの場合は有志の方が作ったjarファイルが公開されているので、それを使いましょう。
Java Version
jarファイルで提供されているので、それを読み込めば使えます。

パス設定

コンストラクタで渡してあげればいいです。

    import swisseph.*;

    SwissEph sw = new SwissEph( path );

計算

SwissEphインスタンスにc言語の関数がみんな含まれているので、そこからswe_calc_utを叩けます。

    SwissEph sw = new SwissEph();
    SweDate sd = new SweDate(year,month,day,hour);

    int ret = sw.swe_calc_ut(
        sd.getJulDay(),
        planet,
        flags,
        xp,
        serr);