javaの場合は有志の方が作ったjarファイルが公開されているので、それを使いましょう。
Java Version
jarファイルで提供されているので、それを読み込めば使えます。
パス設定
コンストラクタで渡してあげればいいです。
import swisseph.*;
SwissEph sw = new SwissEph( path );
計算
SwissEphインスタンスにc言語の関数がみんな含まれているので、そこからswe_calc_utを叩けます。
SwissEph sw = new SwissEph();
SweDate sd = new SweDate(year,month,day,hour);
int ret = sw.swe_calc_ut(
sd.getJulDay(),
planet,
flags,
xp,
serr);

